L’unité PV est une unité propre de recherche d'INRAE sous tutelle du département Santé des Plantes et Environnement (SPE). PV développe des recherches dans les domaines de l'étiologie des maladies émergentes, l'écologie évolutive des phytopathogènes, et le développement de méthodes de contrôle afin de les intégrer dans les stratégies de gestion des maladies bactériennes, fongiques et virales des fruits, légumes et plantes ornementales produits dans le bassin méditerranéen. PV développe également des outils méthodologiques et analytiques (analyses de génétique du paysage ; stratégies de séquençage à haut débit pour le diagnostic ; modèles de stratégies paysagères de gestion des maladies) et de nouvelles approches interdisciplinaires (aérobiologie).
L'unité PV regroupe 38 permanents (18 chercheurs et ingénieurs, et 20 techniciens) et est structurée en 3 équipes fonctionnelles (Virologie, Mistral et Installations expérimentales) interagissant au sein de 3 thématiques de recherche :
Thématiques
Etiologie et Diagnostic
- Caractérisation de maladies émergentes et à risque
- Développement d’outils de diagnotic : séquençage haut-débit, qPCR, LAMP, etc.
- Surveillance et conseil auprès des filières professionnelles : E-phytia
Ecologie et Evolution des phytopathogènes
- Caractérisation de la diversité génétique et phénotypique des agents phytopathogènes
- Modélisation de la dynamique des populations et de l'évolution des agents phytopathogènes de l'échelle plante à l’échelle paysage.
- Etude des conditions environnementales favorisant l’émergence et la propagation des épidémies
- La bioprécipitation : un cycle de rétroaction reliant la microflore végétale, l'utilisation des sols et les processus atmosphériques.
- Nouvelles perspectives sur la structure et l'évolution des interactions hôte-parasite grâce aux analyses de réseaux
Durabilité des méthodes de lutte : résistance génétique et biocontrôle
- Evaluation de l'impact des facteurs biotiques et abiotiques sur l'efficacité et la durabilité des méthodes de lutte
- Systèmes d'aide à la décision pour fournir des solutions de biocontrôle adaptées aux contraintes du terrain et pour améliorer leur efficacité
- La phagothérapie : Utilisation de phages pour lutter contre les maladies bactériennes des plantes. Des acteurs clés du microbiote associé aux plantes au transfert d'outils de lutte bactérienne issus du domaine médical.
Méthodes
- Systèmes d’Information : collecte, stockage, gestion et traçabilité des données
- Géomatique
- Simulations numériques, calibration de modèles et analyses de sensibilité
- Analyses statistiques et modélisation démo-génétique pour l’épidémiologie et le biocontrôle
- Machine Learning
Equipements
- Installations expérimentales (serres, phytotrons, champs, etc.) : IE-PV
- Cluster de calcul : Biosp-Cluster
- Laboratoires de Virologie, Bactériologie, Mycologie
- Plateau de Microscopie : µ3A
- Plateforme Régionale de Biologie Moléculaire : LBM-PACA
- Plateforme de Géomatique : GeOpen4S
Collaborations locales
- INRAE : BioSP, PSH, GAFL, Ecodeveloppement, EMMAH, Abeilles et Environnement, ISA, CBGP
- Fédération de Recherche: TERSYS
- Avignon Université: UMR QualiSud , EUR Implanteus
- Partenaires professionnels : GRAB, CTIFL, APREL, CETA, etc.